东南大学幼儿园位于东南大学四牌楼校区，创办于1952年，是一个历史悠久、有着优良传统和文化积淀的大型园所。幼儿园占地面积约7000㎡，拥有开阔的户外活动场地，现有托小中大四个年龄段14个班，约450名在园幼儿。多年来依托“双一流”高校的综合实力在幼儿科学和数学领域进行了长期的教育研究。2002年东南大学幼儿园成为南京市 “做中学”课题项目首批实验学校；2006年成为全国首家“做中学”科学教育项目的实验基地；2007年评为江苏省优质幼儿园。2009年被评为“南京市优秀教科室”；2011、2017年被评为“玄武区教科研先进单位”。从“十五”至今，东南大学幼儿园围绕幼儿探究式科学活动，申报立项并完成了多个省市重点规划课题的研究。园内有多位老师被评为市、区级学科带头人，优秀教师等光荣称号。近年来，东南大学幼儿园不断完善“动手做”课程的研究，坚持一切以幼儿为本，鼓励幼儿通过探究的方法认识世界。将“主动、探究、愉悦、成长”的理念，融入到幼儿一日活动各环节之中，促进幼儿更加全面的发展。

2018年9月10日，东南大学附属幼儿园正式开园。新园位于东南大学九龙湖校区南大门正对面，占地约15亩，建筑面积约8200㎡，办园规模为小中大六轨18个班级，可容纳近600名幼儿。新园由东南大学、江宁经济开发区管委会和江宁区教育局合作共建管理。东南大学附属幼儿园的开办彻底解决东南大学教职工子女在九龙湖校区附近入园的需求，是东南大学借助自身品牌优势，整合社会资源为教职工服务的突破性举措。